今作っているキャラクターのテクスチャをSubstancePainterで作ろうとしていて問題にぶつかってしまいました・・・。
完全には解決はしていないけど、情報共有のためにアップします。
BaseColorにペイントソフトで作ったテクスチャを設定したのですが、
このテクスチャにアルファ値を設定していて、Unityで透過表示できるか実験したところアルファ値が消えて完全に不透明になるか、画像のように全体が半透明になりました。
元のファイルに一部しか透過を入れていないので、その部分だけを透明になることを期待していたのですが、上手くいきませんでした。
不透明度を設定しなかった場合は、アルファ値が消え（1固定になり）ます。
不透明度を設定をした場合は、上の画像のように、全体が半透明になります。
エクスポートしてもテクスチャが全体的に半透明になりました。
元のファイルのアルファ値を想定通りに使うことは今のところできてないですが、
不透明度の参照をL8ではなく、sRGB8あたりにして、赤のチャンネルをマスクとして使えば出来そうな感じはします。
とりあえず、透明度は別レイヤーで設定することで回避できますが、可能なら透明度を使わない方が無難かもしれません。
